Историю театра отсчитывают от труппы, которая действовала в Каунасе, Литва, в 1920‑е годы.
Датой основания считается 1920 год. Театр организовали при участии Общества Литовского Искусства. Первый спектакль, оперу «Травиата», сыграли 31 декабря 1920 года.
В первые годы значительную часть репертуара составляли европейские оперы XIX века. Балетная труппа играла спектакли наследия. Считается, что именно этот коллектив впервые сыграл «Раймонду» Александра Глазунова в постановке Мариуса Петипа вне России.
В 1941 году коллектив получил название Государственный театр драмы, оперы и балета, в 1941–1944 годах — Каунасский большой театр, в 1944–1988 годах — Государственный театр оперы и балета Литовской ССР. С 1988 года — Национальный театр оперы и балета.
С 1948 года коллектив работает в Вильнюсе, Литва.