Историю азербайджанской оперной культуры отсчитывают 25 января 1908 года, когда в Бакинском театре Тагиева состоялась премьера оперы «Лейли и Меджнун» Узеира Гаджибея.
Официально Азербайджанский государственный театр оперы и балета был учреждён в мае 1920 года как Объединённый Государственный Театр, размещён в здании, построенном в 1910–1911 годах архитектором Николаем Баевым. Строительство завершено 27 февраля 1911 года.
С 1924 года оперная труппа стала самостоятельной; в 1928 году театру присвоено имя Мирзы Фатали Ахундова; с 1959 года — статус академического.
Здание театра в 1938 году подверглось реконструкции. В 1985 году восстановленное здание театра пострадало от пожара; после реставрации театр вновь открылся в 1987 году.
Репертуар включает национальные и классические оперы и балеты, а также современные постановки. Среди премьер — «Майская башня» (1940) Афрасиаба Бадалбейли, балет «Вагиф», опера «Шах Исмаил», «Ашуг‑Гариб» и др. Балетная труппа сочетает наследие XX века и современные хореографические постановки.
Современное полное наименование — Азербайджанский государственный академический театр оперы и балета имени М. Ф. Ахундова.
