Коллекции Архива Лафуэнте систематизированы по четырём основным географическим регионам: Европа и США, Латинская Америка, Испания и провинция Кантабрия (Испания). В случае Испании, однако, количество и богатство материалов, документирующих эволюцию художественных практик во второй половине XX века, таковы, что подавляющее большинство разделов, соответствующих этому региону, сгруппированы по четырём темам: экспериментальная литература, концептуальное искусство в Испании, графический дизайн и переход к демократии и контркультуре.
С целью создания доступной для восприятия структуры коллекций, содержимое Архива Лафуэнте было разделено на два больших временных блока. Первый из этих блоков начинается на рубеже XX века и заканчивается примерно в 1945 году, в конце Второй мировой войны, а второй простирается до 1989 года, вплоть до падения Берлинской стены.