Центр современного искусства (ЦСИ) открылся в августе 1990 года в комплексе из трёх малоэтажных зданий на углу Якиманской набережной и улицы Димитрова (ныне Малая Якиманка). Идея передать расселённые дома в управление новой институции принадлежала последним советским городским и районным властям. Первым художественным руководителем ЦСИ был назначен Леонид Бажанов — «человек, изменивший нашу судьбу», как написал Марат Гельман в одной из своих статей в 1993 году. Гельман стал одним из первых, кто открыл галерею в новом культурном кластере Москвы. В координационный совет ЦСИ входили (по состоянию на 1991 год): искусствоведы, художники, кураторы, кинокритики, архитекторы. Управлял ЦСИ директор Александр Чекмарёв.
Бажанов привлек для сотрудничества с ЦСИ множество галерей. К 1993 году на Якиманке функционировали новорожденные галереи, у каждой из которых была своя специализация. Так, например, «Архитектурная галерея» показывала все, что имело отношение к архитектуре, «Студия 20» занималась фигуративным искусством, галерея «Дар» работала с наивным искусством. Помимо упомянутых, здесь обосновались Арт Медиа Центр «TV Галерея», одно из подразделений ЦСИ — галерея «Лаборатория», «Кон-галерея», галерея «Эрмитаж» и другие.
В самом большом помещении комплекса проходили выставки, организованные собственно ЦСИ, либо большие проекты галерей, залы которых были небольшими. В последнем случае ЦСИ выступал в качестве соорганизатора события. ЦСИ организовывал концерты, видеопоказы, предоставлял свои площади для проведения фестивалей и перформансов.
В 1992 году пост руководителя ЦСИ занял Виктор Мизиано. Здесь же располагалась редакция основанного им «Художественного журнала». У ЦСИ был и свой печатный орган — «Газета Центра современного искусства».
В 1993–1995 годах ЦСИ инициировал несколько новаторских программ, в числе которых «Мастерская визуальной антропологии», «Гамбургский проект». В 1995 году ЦСИ объявил о прекращении самостоятельной выставочной деятельности, обещая сконцентрироваться на проведении образовательных программ. Однако несмотря на множество амбициозных планов по развитию экономической и программной деятельности, в 1995 году закрылись два здания ЦСИ. Многие из галерей, что обитали здесь, прекратили свою работу навсегда, другие сменили адреса. В 1997 закрылся и сам ЦСИ. За 7 лет существования ЦСИ действительно изменил московский арт-мир, став прообразом нынешних проектов джентрификации.