Архив Сибирского филиала ГМИИ им. А. С. Пушкина собирает и хранит документы, фотографии, вырезки из газет и видео, связанные со своей деятельностью. Значительную часть собрания составляют архивы томских фотографов Владимира Бобрецова и Павла Рыскаленко, по которым можно проследить историю филиала.
В 2020 году филиал стал частью Государственного музея изобразительных искусств имени А. С. Пушкина и временно сместил акцент с выставочной на исследовательскую и образовательную деятельность. Начал активно сотрудничать с университетами, разрабатывать образовательные проекты, направленные на привлечение студентов к современному искусству и развитие художественного образования в регионе.
В архив входят материалы фестиваля искусства и чтения «ТОМ» — совместного события Сибирского филиала и Томского государственного университета. В 2023 году программа включала 60 дискуссионных, образовательных и выставочных мероприятий с участием 90 экспертов и книжную ярмарку, на которой свой ассортимент представили 20 издательств по гуманитарным наукам, книги по искусству, дизайну и краеведению. Фестиваль планируется проводить ежегодно. Важную часть архива составляют документы выставки «Художники все помнят», приуроченной к десятилетию Сибирского филиала и проходившей в рамках Фестиваля искусства и чтения «ТОМ». Десять художников представили свой взгляд на десятилетнюю историю филиала, их проекты располагались в специально построенном павильоне. Авторы размышляли про отсутствующее пространство собственного музея, обращались к творческому наследию других художников, создавали вымышленный музей и пытались понять, где место регионального искусства. В архив также входят документы междисциплинарного исследования «Новое поколение. Художники из Сибири. Томск», популяризирующего и поддерживающего томских художников, фотографов и исследователей, рожденных после 1980 года.