Основан в 1926 году. В разные годы коллектив именовался: пролетарский коллектив артистов комической оперы, краевой театр музыкальной комедии, ныне — краевой музыкальный театр. Считается первым профессиональным театром оперетты в СССР. Московская оперетта была основана год спустя, в 1927 году, а Санкт‑Петербургский театр музкомедии — три года спустя, в 1929 году.
Площадка театра является крупнейшей по вместимости (более 880 мест). Хабаровский краевой академический музыкальный театр — четырежды лауреат Национальной театральной премии «Золотая маска».
Театр является участником крупных фестивальных проектов, среди которых Всероссийский фестиваль «Видеть музыку» (Москва), Российско‑китайская ярмарка культуры и искусства (Благовещенск), фестиваль театров Дальнего Востока (Хабаровск), Открытый российский фестиваль театра и кино «Амурская осень» (Хабаровский край и Амурская область).