Музей Уитни специализируется на коллекционировании и сохранении американского искусства XX и XXI веков. Его постоянная коллекция, охватывающая период с конца XIX века до наших дней, включает более 25 000 картин, скульптур, рисунков, гравюр, фотографий, фильмов и видео, созданных более чем 3500 художниками. Особое внимание уделяется демонстрации работ ныне живущих художников, а также поддержанию институциональных архивов исторических документов, касающихся современного американского искусства, включая исследовательскую коллекцию Эдварда и Жозефины Хоппер (музей является крупнейшим в мире хранилищем произведений искусства и архивных материалов Эдварда Хоппера), архив Санборна Хоппера и исследовательскую коллекцию Аршила Горки.
Каждые два года музей организует Биеннале Уитни — выставку, демонстрирующую работы молодых американских художников. Она считается самой продолжительной и важной выставкой современного искусства в Соединенных Штатах.
