Была учреждена Министерством культуры в 2003 году в рамках Федеральной целевой программы «Культура России. 2001–2006 гг.» и проходит в Москве с 2005 года. Комиссаром биеннале был назначен Иосиф Бакштейн. Организаторами Первой биеннале выступили Министерство культуры, Федеральное агентство по культуре и кинематографии (ФАКК) и РОСИЗО. Начиная со Второй московской биеннале к организаторам присоединился специально созданный под биеннале художественный фонд «Московская биеннале», а с 2009 года — правительство Москвы.
В 2016 году команда биеннале была переформатирована: позиция комиссара биеннале упразднена (при этом Иосифу Бакштейну было «выдано» звание «почётного комиссара Московской биеннале»), фонд «Московская биеннале» (работавший над 2‑й, 3‑й, 4‑й, 5‑й и 6‑й биеннале) заменён на фонд «Биеннале современного искусства» во главе с экс‑чиновником Минкульта Юлией Музыкантской, сформирован Экспертный совет, объявлены планы по созданию Наблюдательного совета. Министерство культуры России и Правительство Москвы остались в числе организаторов биеннале.
В 2022 году Министерство культуры РФ за четыре дня до открытия сообщило об отмене 9‑й Московской международной биеннале современного искусства, котора должна была открыться в Новой Третьяковке 7 ноября 2023 года «по причине абсолютного несоответствия уровня целого ряда экспонатов статусу избранной для биеннале площадки — государственного музея федерального значения».
