Театр был образован в 1987 году, после подписания министром культуры СССР Василием Захаровым приказа № 383, согласно которому МХАТ СССР официально разделился на два театра: МХАТ имени Максима Горького под руководством актрисы Татьяны Дорониной и МХАТ имени А. П. Чехова под управлением актёра и режиссёра Олега Ефремова. За «доронинским» МХАТом было оставлено официальное имя Максима Горького, присвоенное театру в 1932 году. Театр позиционировал себя как приверженца русской классики и хранителя традиций отечественной сцены.
4 декабря 2018 года художественным руководителем театра назначен продюсер и театральный режиссёр Эдуард Бояков. Татьяна Доронина переведена на cпециально введённую должность президента театра. 27 марта 2021 года Министерством культуры было принято решение изменить Устав МХАТ им. М. Горького, лишив Эдуарда Боякова руководящих полномочий и ликвидировав позицию художественного руководителя. 27 октября 2021 года генеральным директором театра был назначен Владимир Кехман. 1 ноября 2021 года Бояков покинул пост по собственному желанию. В марте 2023 года главным режиссёром театра стала Галина Полищук.