Советский и российский искусствовед, художественный критик, куратор и культуролог. В 1968 году окончил Московский институт электронного машиностроения, а в 1985 году — аспирантуру Института социологии РАН. Кандидат философских наук. В 1968–1969 годах — инженер‑лаборант НИИ автоматической аппаратуры им. В. С. Семенихина. В 1969–1974 годах — старший инженер Центрального экономико‑математического института. В 1974–1991 годах — старший научный сотрудник Центрального научно‑исследовательского и проектного института типологии и экспериментального проектирования им. Б. С. Мезенцева. С 1991 года — директор Института проблем современного искусства. С 2001 года — заместитель генерального директора, художественный руководитель Государственного музейно‑выставочного центра «РОСИЗО». С 2003 года — заведующий сектором современной художественной культуры Российского института культурологии. Куратор‑координатор (2005, 2007) и комиссар (2007–2016) Московской биеннале современного искусства. В середине 2018 года Бакштейн принял решение покинуть созданный им Институт проблем современного искусства. Осенью 2018 года институт был перерегистрирован и получил имя Института современного искусства Иосифа Бакштейна. Член‑корреспондент Российской академии художеств. Член экспертного совета премии Кандинского. Член Союза художников России. Член Российского комитета Международного совета музеев (ICOM). Член Международной ассоциации художественных критиков AICA. Живёт и работает в Москве.
Избранные кураторские проекты:
Виталий Комар и Александр Меламид «Сотрудничество с животными» (48‑я Венецианская биеннале современного искусства, Павильон России, 1999), «Angels of History: Moscow Conceptualism and Its Influence» (MuHKA, Антверпен, совместно с Бартом де Баре, 2005) «Норман Фостер. Пространство и время» (Государственный музей изобразительных искусств им. А. С. Пушкина, 2006), «Илья и Эмилия Кабаковы. Московская ретроспектива» (Центр современной культуры «Гараж», ЦСИ «Винзавод», галерея Марата Гельмана, 2008), «La leçon de l'histoire» (Токийский дворец, Париж, 2010).